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Analítica Visual en Biomedicina

Introducción

La investigación en curso persigue aportar herramientas novedosas de analítica visual (aprendizaje automático + visualización de datos + interacción) al estudio de datos biomédicos, que permitan encontrar patrones significativos en grandes conjuntos de datos mediante mecanismos avanzados de exploración, análisis e interacción con los datos. Se trata de una investigación de carácter multidisciplinar de ingeniería y biomedicina, que llevamos a cabo desde aproximadamente septiembre de 2019 con dos investigadoras biomédicas del HUCA y del Hospital Universitario de Cabueñes respectivamente.

Uno de los primeros resultados ha sido la el desarrollo y aplicación de una técnica nuestra, denominada Morphing Projections para la exploracion de patrones de expresión genética de más de 8000 muestras de tumores de 31 cánceres definidas cada una por más de 19000 niveles de expresión genética. Los resultados fueron publicados en la revista Oxford Bioinformatics en 2021.

Desde septiembre de 2021 la línea cuenta con financiación I+D+i de la Agencia Estatal de Investigación a través del proyecto I+D+i de Generación del Conocimiento (PID2020-115401GB-I00)

Videos

Vídeo ilustrativo de la técnica de Morphing Projections aplicada al análisis genómico del cáncer, presentada en Bioinformatics (Díaz et al., 2021)

Impacto de la línea: publicaciones y apariciones en prensa

Fecha Aparición en prensa
2023-06-17 Artículo en Frontiers in Endocrinology. Impact Factor 6,055. Journal Rank Q1 (33/146) en la categoría Endocrinology & Metabolism (datos de 2021). A partir de diferencias entre patrones de expresión de genes y de miRNA, descubiertas con Morphing Projections en un grupo de muestras de TCGA, se identificaron 6 miRNAs que diferencian paragangliomas de de tumores pancreáticos neuroendocrinos.
  • Enguita, Jose María, Díaz, Ignacio, García, Diego, Cubiella, Tamara, Chiara, María-Dolores, and Valdés, Nuria, "Visual analytics identifies key miRNAs for differentiating peripancreatic paraganglioma and pancreatic neuroendocrine tumors". Frontiers in Endocrinology. 14: 1162725, 2023, DOI: 10.3389/fendo.2023.1162725
2023-04-10 Artículo en IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. Impact Factor: 7.021. Journal Rank: JCR - Q1 en 4 categorías y primer decil (D1, rank 4/57) en Mathematical & Computational Biology (datos de 2021). Presentamos una técnica novedosa de análisis de la matriz de expresión genética mediante proyecciones duales de genes y muestras coordinadas con la GEM y condicionables para grupos de genes o muestras.
  • Díaz, I., Enguita, J. M., Cuadrado, A. A., García, D., González, A., Valdés, N., & Chiara, M. D. (2023). "Exploratory Analysis of the Gene Expression Matrix Based on Dual Conditional Dimensionality Reduction". IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics. DOI: 10.1109/JBHI.2023.3264029
2022-06-17 Artículo en la revista Cancers. Impact Factor: 6.639 (2020). Journal Rank: JCR - Q1 (Oncology). Aportamos la técnica de Morphing Projections (MP) y algoritmos de visualización de biclusters (grupos de muestras relacionadas con grupos de genes) para el análisis a nivel transcriptómico.
  • Celada, Lucía, Cubiella, Tamara, San-Juan-Guardado, Jaime, San José Martínez, Andrés, Valdés, Nuria, Jiménez-Fonseca, Paula, Díaz, Ignacio, Enguita, Jose María, Astudillo, Aurora, Álvarez-González, Enol, and Others, "Differential HIF2α Protein Expression in Human Carotid Body and Adrenal Medulla under Physiologic and Tumorigenic Conditions". Cancers. 14(12): 2986, 2022 [→ web]
2021-11-22 Artículo en farmacosalud "Objetivo: avanzar en el estudio de biomarcadores predictivos de metástasis en carcinoma adrenocortical" enlace al artículo
2021-11-02 Artículo en La Nueva España "Cabueñes investigará cómo prevenir la metástasis en tumores endocrinos" enlace a la publicación
2021-02-08 Reportaje en la TPA (Conexión Asturias), emitido el 8 de febrero de 2021. enlace en facebook, enlace a la emisión completa de 8/02/2021 en TPA a la carta (minuto 22:35 aprox.)
2021-02-03 Entrevista en la RPA (programa La Buena Tarde) enlace al programa en RPA (parte 2 de 4, minuto -29:00 aprox.)
2021-01-29 Artículo en La Nueva España (29/01/2021, portada y páginas interiores). Versión en castellano (bajo suscripción), Versión en asturiano
2020-11-27 (online)
2021-06-01		 Artículo en Bioinformatics. Revista de alto impacto (IF=5,610, primer decil, 3 de 59 en Mathematical & Computational Biology)